數(shù)年前，人類以超級戰(zhàn)“轟天號”，在南極擊“哥吉拉”，并且將“吉拉”封印在地底下。是地球除了“哥吉拉”外，還有許許多多的怪，對各大人類都市虎視眈。于是，人類成立了地球防衛(wèi)部”，專門對各種怪獸的入侵。而地防衛(wèi)部最強(qiáng)大的成員，是當(dāng)年封印哥吉拉的“天號”以及其艦長“道拉斯·戈登上?！薄４?，為了應(yīng)付怪獸對人類成的困擾，地球防衛(wèi)部別甄選了有特殊能力的類，這些“超人類”擁普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁比普通人更強(qiáng)大的體能敏捷性，以應(yīng)付怪獸的擊，其中的佼佼者就是尾崎真一少尉”。就在久之前，人們挖到一個大怪物的遺骸，而且怪擁有機(jī)械跟生物的本質(zhì)懷疑能夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械合起來的怪物應(yīng)該來自外太空。不久，尾崎真收到來自嬰兒島“小美”的警告，這個怪物是年被“魔斯拉”給封印“蓋剛”，蓋剛的出現(xiàn)表著人類的危機(jī)。就在剛出土不久，世界各地然在同一時間，遭受到各大怪物的攻擊，一時間讓地球防衛(wèi)部忙的焦爛額。但是突然出現(xiàn)的秘飛行器，卻將這些怪全部都帶走。這些自稱X星人”的外星來訪客，聲明自己是人類的朋傅山要跟人類建立起同盟關(guān)，更聲稱有一個巨大的球即將撞上地球。但是尾崎真一還有道格拉斯人的調(diào)查之下，發(fā)現(xiàn)根就沒有神秘星球要撞擊球。而那些怪獸根本就外星人侵略地球所釋放，X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利用。雖然星人的真面目被揭穿，是外星人擁有不可思議超能力，還有手下聽命外星人的巨大怪物。地防衛(wèi)軍最后被殲滅，只下轟天號還茍延殘喘著此時，道格拉斯想出一大膽的計策，就是解開極哥吉拉的封印，讓代地球最強(qiáng)大怪物的哥吉，去面對這些外星來的略者....