數(shù)年前，人類以級(jí)戰(zhàn)艦“轟天號(hào)，在南極擊潰“吉拉”，并且將哥吉拉”封印在底下。但是地球了“哥吉拉”以，還有許許多多怪獸，對(duì)各大人都市虎視眈眈。是，人類成立了地球防衛(wèi)部”，門對(duì)付各種怪獸入侵。而地球防部最強(qiáng)大的成員就是當(dāng)年封印哥拉的“轟天號(hào)”及其艦長“道格斯·戈登上校”此外，為了應(yīng)付獸對(duì)人類造成的擾，地球防衛(wèi)部別甄選了有特殊力的人類，這些超人類”擁有普人類所沒有的“M染色體”，讓這人類擁有比普通更強(qiáng)大的體能跟捷性，以應(yīng)付怪的攻擊，其中的佼者就是“尾崎一少尉”。就在久之前，人們挖一個(gè)巨大怪物的骸，而且怪物擁機(jī)械跟生物的本，懷疑能夠?qū)⑸?跟機(jī)械結(jié)合起來怪物應(yīng)該來自于太空。不久，尾真一收到來自嬰島“小美人”的告，這個(gè)怪物是年被“魔斯拉”封印的“蓋剛”蓋剛的出現(xiàn)代表人類的危機(jī)。就蓋剛出土不久，界各地突然在同時(shí)間，遭受到了大怪物的攻擊，時(shí)之間讓地球防部忙的焦頭爛額但是突然出現(xiàn)的秘飛行器，卻將些怪物全部都帶。這些自稱“X星人”的外星來訪，聲明自己是人的朋友，要跟人建立起同盟關(guān)系更聲稱有一個(gè)巨的星球即將撞上球。但是在尾崎一還有道格拉斯人的調(diào)查之下，現(xiàn)根本就沒有神星球要撞擊地球而那些怪獸根本是外星人侵略地所釋放的，X星人根本是要把人類作糧食來利用。然外星人的真面被揭穿，但是外人擁有不可思議超能力，還有手聽命于外星人的大怪物。地球防軍最后被殲滅，剩下轟天號(hào)還茍殘喘著。此時(shí)，格拉斯想出一個(gè)膽的計(jì)策，就是開南極哥吉拉的印，讓代表地球強(qiáng)大怪物的哥吉，去面對(duì)這些外來的侵略者....