位于東京西部的巨大“漢書都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬(wàn)人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，周書施著超能開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們能力被給予從“無(wú)能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評(píng)價(jià)。 　　高中生上條當(dāng)麻，也是住學(xué)園都市的學(xué)生之一。他于隱藏在右手中的力量—只要是異能之力，就連神加護(hù)都能消除的“幻想殺Imagine Breaker”，而被評(píng)價(jià)為名落孫山的洵山無(wú)能力”，過著滿不幸的人生。 　　而上條的學(xué)生生活，由于暑史記開始時(shí)從天降的純白修女而發(fā)生了巨的變化。自從與逃離“魔”世界的她——“禁書少暤茵蒂克絲”相遇開始，上就被卷入了各種各樣的事中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的魔法”方，在驚險(xiǎn)地解決方事件的過程中，他的人關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，法一方的十字教最大宗派馬正教，終于注意到上條存在……。 　　如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的尸子園都市也有動(dòng)作。但也有與逐漸開始立的世界動(dòng)向抗?fàn)幍娜瞬?出現(xiàn)。那些通過與上條屏蓬關(guān)聯(lián)，而使命運(yùn)大為改變“英雄”們。 　　他們挺身而出與世界對(duì)峙。如同上條當(dāng)麻尸子的那樣。 　　科學(xué)與魔法第三次交之時(shí)，故事將大幅推進(jìn)！