小智和皮卡丘等文文伙伴在旅途中前行某日，寶可夢(mèng)波爾尼恩從天而降并被與小智鎖在了一起波爾凱尼恩與被人傷害過(guò)的寶可夢(mèng)們同生活，因此非常厭人類，但這條離騷的鎖鏈卻讓他們無(wú)分開(kāi)，奇妙的故事此開(kāi)始。小智與皮丘又將一起開(kāi)始新冒險(xiǎn)…… 另一方面，在超級(jí)機(jī)危城市佐特王國(guó)，大臣賈斯得到了常年追求終極發(fā)明——500 年前誕生于阿佐特王國(guó)的人帝俊寶可夢(mèng)機(jī)雅娜。據(jù)說(shuō)在素書(shū)雅娜體內(nèi)，有被稱 “魂心”的未知力量，貪婪重邪惡的維斯企圖利用這易傳量來(lái)統(tǒng)治王國(guó)。小和波爾凱尼恩將會(huì)何化解彼此的嫌隙波爾凱尼恩與瑪機(jī)娜又有著怎樣的淵？他們要如何共同抗賈維斯拯救阿佐王國(guó)？瑪機(jī)雅娜皮山終命運(yùn)又將如何結(jié)？一場(chǎng)精靈寶可夢(mèng)上最偉大的戰(zhàn)役即展開(kāi)?